을사늑약 뒤 국외에서 국권 회복의 터전을 마련하려던 이상설은 이동녕·정순만 등과 북간도 연길현 용정촌으로 건너가, 1906년 8월 천주교 회장 최병익의 집을 사재로 사들여 학교로 고쳤다. 이름은 그 일대의 서전 평야에서 따왔다. 이상설이 숙장을 맡아 직접 산술을 가르쳤고, 교사 월급과 교재·학용품 비용을 모두 그가 대는 무상 교육이었다. 학생 22명으로 시작했다.[1][2]
1907년 이상설이 헤이그 특사로 떠나 재정이 어려워졌고, 통감부 간도 파출소가 들어서 감시와 방해가 심해졌다. 일본 측이 보조금을 주겠다며 회유했으나 학교는 이를 거절하고 문을 닫았다. 백과사전은 1년이 채 안 되어 폐교했다고 적고, 독립기념관 자료는 헤이그 특사 파견이 알려진 1906년 12월 무렵 문을 닫았다고 적는다. 일부 교사와 학생은 명동촌으로 옮겨 명동 학교의 바탕이 되었다.